该系列包括电视版前24话内容的总集篇〈DEATH〉和作为重制版结局的第25话〈Air〉与第26话〈真心为你〉,重制版结局的剧情承接电视版第二十四话,讲述SEELE与碇源堂等人围绕人类补完计划展开激烈的战斗,以及陷入绝望的碇真嗣如何做出自己的选择.